本发明涉及医疗系统技术领域，具体涉及一种基于病理组学知识库的辅助诊疗系统及构建方法；本方法包括：对文献指南信息的文本内容进行实体提取，构建病理组学实体库，建立病理组学实体库数据框架，构建各实体相关的医学属性信息，根据文献指南信息，确定所述病理组学实体库中实体间的关联关系，构建病理组学知识图谱库，通过肿瘤基因组图谱数据对所述模型库中的预测模型进行训练和测试，形成病理组学临床预测模型库；通过本发明基于病理组学知识库，能在肿瘤辅助诊断和分型、基因突变预测、预后评估、治疗指导及疾病研究等方面进行临床应用。