本发明提供了一种类胡萝卜素微胶囊的制备方法，包括：(1)将有机溶剂、色素晶体、一部分的壁材、抗氧化剂和一部分水加入分散机中研磨，制得初乳液；(2)向所述初乳液中继续加入剩下的壁材和水混合后进行乳化均质，制得色素乳液；(3)将所述色素乳液按照如下式Ⅰ进行喷雾制粒，得到类胡萝卜素微胶囊；T＜(‑21.65ln(cp)+191.07)‑2×t+0.045×t×t式Ⅰ；其中，T为喷雾制粒的温度，cp为色素乳液的固含，t为进料时间。本发明的制备方法的生产效率高，生产过程稳定可控，不容易堵塞，可实现高效率生产。