本发明涉及一种电碳联合市场中的能源聚合商的运行优化方法，包括：获取能源聚合商及其所在电力系统的运行约束条件和拓扑信息，以及电能市场和碳排放权配额市场的价格约束条件；构建上层模型，基于上层模型向日前电能市场和日前碳排放权市场提交策略性报价构建独立运营商的下层模型，基于下层模型对所述策略性报价进行出清，得到出清结果；根据出清结果对上层模型和下层模型进行迭代计算，得到电碳联合市场的交易过程中的最优报价，完成能源聚合商的运行优化。本发明通过激励能源聚合商主动参与电能市场和碳排放权市场的综合需求响应的优化调度，能够在很大程度上提高能源聚合商的能源利用效率，同时有效降低整体电力系统的运行成本。