本申请提供一种模块化多电平换流阀控制系统的控制方法，包括：获取主系统的每个桥臂子模块投入的第一期望数量和第一实际数量；计算主系统的每个桥臂的第一期望数量和第一实际数量的差值的绝对值，得到数值K；基于数值K和第一预设条件控制主系统的工作状态。本申请提供的模块化多电平换流阀控制系统的控制方法，当数值K满足第一预设条件时，即说明该桥臂电流会产生大幅波动，此时可控制停止主系统工作，避免环流超限导致换流阀闭锁；当数值K不满足第一预设条件时，说明该桥臂电流相对稳定，此时主系统可以继续工作，可确保三相桥臂之间的电流分布均匀，避免产生环流，可以有效的防止因桥臂电流波动过大而引发的闭锁现象，提高系统的稳定性。