本发明提供一种利用平衡器官解剖标志构筑三维头影测量坐标系的方法，属于医疗技术领域，该方法包括：获取待测量颅面的CT影像；确定CT影像的枢椎齿状突顶AODA、前鼻棘ANS、左蜗孔HtL、右蜗孔HtR和蝶骨喙突SR；基于AODA、ANS、HtL、HtR和SR，先确定水平面，再确定冠状面和正中矢状面，水平面为AODA与ANS的连线的平行线，与HtL和HtR的连线相交构成的平面，冠状面通过HtL和HtR的连线与水平面垂直，正中矢状面通过SR且与水平面和冠状面均垂直；以待测量颅面的CT影像的冠状面、正中矢状面和水平面的相交点作为三维头影测量坐标系的原点，建立三维头影测量坐标系。