本发明属于医学生物制药技术领域，具体公开了一种粗毛纤孔菌多肽及其制备方法和在抗牙周炎药物中的应用，用氯化钠溶液提取粗毛纤孔菌子实体；然后用木瓜蛋白酶于60℃条件下酶解40 min；然后于100℃下加热30 min使酶失活，离心收集上清酶解蛋白液，超滤、离心后得到粗毛纤孔菌多肽。与现有技术相比，本发明制备的粗毛纤孔菌多肽为天然药物，没有合成化学品的不良反应和副作用，且疗效确切；粗毛纤孔菌多肽稳定性好，耐酸碱、耐高温，真空干燥处理后药物活性不受影响；使用方便简单，无刺激性，治疗效果显著，对牙龈卟啉单胞菌表现出良好的杀伤能力，能够用于抗牙周炎药物。