本发明公开了一种纳米载体亚单位疫苗及其制备方法与应用，属于生物医药技术领域。该纳米载体亚单位疫苗具体为CNT‑rSip，将蛋白rSip与功能修饰后的碳纳米管通过酰胺化反应连接，得到所述纳米载体亚单位浸泡疫苗CNT‑rSip。该纳米载体亚单位浸泡疫苗能够预防罗非鱼链球菌病，其预防效果高于rSip蛋白。本发明提供的纳米载体亚单位浸泡疫苗安全、有效，能够对免疫后罗非鱼产生较好的保护作用，对罗非鱼抗无乳链球菌和海豚链球菌感染的免疫保护率分别为75％和72.41％。本发明为罗非鱼链球菌病的防治提供一种浸泡免疫的方法。