本发明公开了一种流域农业面源污染在线监测方法及系统，涉及农业污染监测技术领域，数据处理模块接收、存储和分析水质参数以及水体样本数据，将水质参数以及水体样本数据进行整合后，执行实时监测并识别潜在的污染事件，数据分析模块执行高级数据分析，通过水质参数以及水体样本数据对农业面源进行趋势分析，报告生成模块将识别结果和分析结果生成报告和可视化数据，报告和可视化数据发送至管理员界面模块向管理员展示。该监测系统综合分析水质参数以及水体样本数据，通过水质参数以及水体样本数据对农业面源进行趋势分析，以便分析水体质量问题和潜在的农业面源污染事件，从而便于管理者对农业面源进行相应管理。