一种扰动观测抑制与目标跟踪系统，包括：惯性参考模块包括：成像装置基于发光装置发射的基准光束测量发光装置发生第一运动的第一转角；自抗扰控制模块包括：控制单元基于参考转角得到第一驱动电压；改进Smith预估器包括：第一通道基于第一驱动电压和第一转角得到第二转角；反馈通道基于第一转角和第一通道得到第一补偿电压；扩张状态观测器基于第二转角和第一驱动电压，得到第一观测值和第二观测值；控制单元利用第一观测值更新第一驱动电压，并利用第二观测值和更新后得到的第一驱动电压得到第二驱动电压，控制单元利用第一补偿电压和第二驱动电压得到第三驱动电压；驱动器基于第三驱动电压驱动发光装置发生第二运动，使基准光束转动至参考转角。