本发明提供了一种铝合金零件焊接边阳极氧化层机器人自动打磨系统及方法，包括机器人、打磨工具、转台、柔性工装、相机传感器、机器人控制系统、工控机系统、PLC控制器。打磨工具安装于工具架上，相机传感器安装于机器人末端，柔性工装安装于转台上；相机传感器扫描铝合金零件焊接边轮廓，通过工控机系统生成机器人运动轨迹，并发送给机器人控制系统；PLC控制器发送指令给机器人控制系统，控制机器人抓取打磨工具并按运动轨迹进行自动打磨。本发明实现了对铝合金零件焊接边阳极氧化层的双面同步自动打磨，解决了人工打磨效率低、质量一致性差、粉尘危害等问题，可满足不同尺寸、不同形状工件的生产需求，提高了制造效率和柔性化水平。