一种基于最小二乘法的微电网继电保护方法，包括以下步骤：a）获取并网点的实时电流，对电流波形进行采样，得到电流采样数据；b）对电流采样数据通过数字滤波，提取基波电流特征值；c）通过构建短路电流预测算法，预测短路电流预测峰值，获取电流保护整定值；d）根据所述基波电流特征值和所述电流保护整定值判断是否执行过流保护动作，若所述基波电流特征值大于所述电流保护整定值，则判定短路故障发生，执行过流保护动作；若所述基波电流特征值小于所述电流保护整定值，则返回步骤a）。极大的提高了微电网继电保护的灵敏性和时效性，保证微电网系统安全、稳定的运行。