本发明提供了一种基于水下潜器的多管虹吸生物采样装置，属于生物采样技术领域，该基于水下潜器的多管虹吸生物采样装置包括无人遥控潜水器，无人遥控潜水器的内部设置有电液推杆，电液推杆的底部设置有驱动电机，电液推杆用于提供动力；电液推杆的底部设置有采样机构，采样机构用于在水下采样；采样机构与电液推杆之间设置有旋转机构，旋转机构用于带动采样机构旋转，进行多次采样；采样机构上还设置有密封机构，密封机构用于通过对采样机构进行密封保证采样的稳定性；采样机构的内部设置有制冷机构，制冷机构用于保证在深水低温下获得的样品存活；该装置能够解决多次回收采样取样速度慢、操作繁琐，影响样本储存设备对样本储存的质量的问题。