本发明提供一种基于结构奇异值法的抑制超低频振荡的控制方法及系统，属于电网系统水电机组运行控制技术领域，构建水光互补系统多机系统统一频率响应模型，引入反映不确定性的摄动块和对应的权函数，插入反映鲁棒性能的虚拟摄动块和灵敏度权函数，扩展为结构奇异值模型；设置水电机组串联校正控制器和光伏机组有功附加控制器的参数搜索空间，随机生成一组水电和光伏机组的控制器参数；根据超低频振荡的范围，将范围内扫频点都带入扩展的结构奇异值模型中，计算结构奇异值；根据结构奇异值判断控制器参数是否满足鲁棒性要求。本发明可协调设计用于超低频振荡抑制的水电机组和光伏控制器参数，能对水电机组占高比例系统的超低频振荡起到抑制作用。