本发明提供了一种断面文件创建及关键控制点提取方法、系统及电子设备，属于水动力模拟领域，方法包括：获取河道断面基本信息、河道横断面原始数据文件及桩号里程数据表格文件；提取各横断面的桩号里程数据得到断面桩号里程数据单层列表；提取各数据点的距离和高程值得到距离高程双层嵌套数据列表；根据高程双层嵌套数据列表得到断面最低点、左岸顶点、右岸顶点高程单层列表和对应的索引序号单层列表；进而确定断面标记双层嵌套数据列表；根据河道断面基本信息及各列表确定横断面文件及断面关键控制点。本发明不仅提高了MIKE横断面文件的生成效率及精度，而且充分挖掘了河道横断面原始数据的利用价值。