本发明公开了一种基于去噪扩散概率模型的染色体异常检测系统及其方法，其前向扩散模型对输入的染色体图像作为原始图像沿马尔可夫过程进行t次叠加添加噪声，得到纯噪声图像为止；其逆扩散模型沿马尔可夫链向后遍历以对所述纯噪声图像进行t次去噪声操作，得到重建图像；其分析模型对所述原始图像和重建图像进行均方误差计算，并将得到的均方误差与预先设定的阈值进行比较，大于阈值的原始图像判定为异常，反之则为正常。本发明的有益效果是：相较于传统的检测方式，本发明具有高效、准确等优点。