本发明公开了基于物联网的智慧地铁应答器控制数据传输系统及方法，属于数据管理技术领域。构建数据控制中心云台，统筹全部地铁应答器并进行统一数据簇编号，存储不同数据簇下对应包含的应答器产生的应答器报文；建立应答器报文传输行为模型矩阵，将区域存储空间集合整合转化为应答器报文传输行为模型矩阵，对区域存储空间集合中的应答器报文附加记录时间范围标签；生成控制传输行为特征矩阵，统筹全部控制传输行为特征矩阵；建立数据簇迭代筛选模型，输出隐性数据簇集合和显性数据簇集合，对隐性数据簇集合进行加密；进而在保证应答器控制数据传输安全的同时，通过显性数据簇集合来不定期的迷惑攻击者，使攻击者无法获得完整的应答器数据。