本发明涉及流域生态系统评估技术领域，具体地说，涉及基于流域生态系统的脆弱性评估方法。其包括分析各项评价指标对当前监测流域产生的影响程度，规划各项评价指标对应的权重；对不同评价指标进行影响程度分析，结合影响程度规划对应的权重，计算当前监测流域各项评价指标对应的影响量，结合其对应权重，计算出当前流域生态系统的脆弱性分数。本发明通过分析各项评价指标对当前监测流域产生的影响程度，规划各项评价指标对应的权重，结合其对应权重，计算出当前流域生态系统的脆弱性分数，结合不同流域生态系统的重要生境，合理评估出流域生态系统的脆弱性分数，提高流域生态系统的脆弱性分数评估准确度，为后期制定补救措施提供参考依据。