本发明涉及一种基于光学傅里叶变换的可重构模式匹配系统，包括：源序列调制模块、光学傅里叶变换模块、目标序列产生模块、共轭相乘模块、光学傅里叶逆变换模块、相干接收模块；根据原始调制信号序列将激光载波调制为源光信号；对源光信号进行光学傅里叶变换得到频域源光信号；将目标序列映射为目标电信号并进行快速傅里叶变换得到虚部信号和实部信号；根据虚部信号和实部信号对频域光信号进行调制得到频域光信号；对共轭相乘后的频域光信号进行光学傅里叶逆变换得到时域光信号；根据激光载波对时域光信号进行解调，获得目标序列和原始调制信号序列的匹配结果。