本申请公开了一种基于红外干涉的外延片测厚方法及装置，涉及光学薄膜厚度测量技术领域，通过获取原始光谱信号：采用自适应光谱切除算法切除原始光谱信号中干涉质量不佳的区域，得到高质量干涉光谱信号；将高质量干涉光谱信号进行FFT变换，并将横坐标进行转换，得到厚度图；采用双层厚度提取算法对厚度图进行处理，得到外延片衬底和外延层的厚度结果。本申请不仅通过自适应光谱切割算法切除了原始光谱信号中干涉质量不佳的区域，并且通过双层厚度提取算法解决了由晶圆特殊双层结构导致的多次干涉问题，从而实现外延片衬底、外延层厚度的精确测量。