本发明公开了一种生产棘白霉素类药物的基因工程菌及其应用。所述基因工程菌包括一种基因组合，所述基因组合包括来源于丝状真菌Coleophoma empetri中编码P450单加氧酶CEP450‑3的基因和编码磺酰基转移酶CESUL的基因。本发明还公开了一种棘白霉素类化合物，其组成环脂肽的高酪氨酸处具有磺酰氧基的修饰。本发明还公开了通过培养所述基因工程菌来制备所述棘白霉素类化合物的方法，以及所述基因组合、重组表达载体和基因工程菌在生产所述棘白霉素类化合物中的应用。本发明的基因工程菌能生产具有磺酰氧基修饰的新化合物PBS和EcBS，新化合物的水溶性和抗菌活性均分别优于原未经磺酰氧基修饰的化合物PB0和EcB。