本发明公开了一种水面无人集群多目标快速分配方法，该方法包括以下步骤：步骤1、获取水面无人机集群的态势信息，针对任务目标，根据任务目标及任务执行节点的位置的远近关系，初步得到各任务目标与任务执行节点的分配关系；步骤2、任务执行节点得到分配给自身的任务目标后，通过添加启发式因子，在求解过程中设置自适应交叉、变异算子,在多种群间设置优解扩散机制，构建改进遗传算法；基于改进遗传算法，通过循环迭代对资源‑目标分配方案进行优化求解,直到满足迭代条件，输出水面无人机集群的资源‑目标分配方案。本发明能有效加快算法执行效率,避免遗传算法早熟问题；增加了经验扩散机制，在收敛速度、收敛值方面优于常规算法。