本发明涉及一种卫星通信系统的两阶段多维资源联合分配方法，包括步骤：收集星上信息和用户信息；将U个用户聚类为B个用户簇，B个用户簇由B个波束进行覆盖；构建自监督学习网络模型，建立损失函数进行模型训练，将收集的用户信息输入到优化好的自监督学习网络模型，输出波束级资源分配方案；基于近端策略优化算法建立行动网络和评价网络，形成并训练用户级资源分配模型，得到当前波束级资源分配方案配置下最优的用户信道分配决策。本发明能够大幅度提升资源分配的灵活性，在满足各波束动态流量需求的同时提高卫星的资源利用率，实现“按需覆盖、按需分配”。