本发明公开了一种医疗影像大数据的低耗优化和智能存储方法及系统，涉及图像分析技术领域。该方法包括：构建医疗影像数据库；计算医疗影像数据库中所有医疗影像两两之间的相似度，以筛选保留目标医疗影像；对医疗影像数据库中的每一幅目标医疗影像进行去噪；去噪后，对医疗影像数据库中的目标医疗影像进行筛选，以确定并标记常用医疗影像和非常用医疗影像；对每一幅非常用医疗影像进行压缩，以得到并存储各幅非常用医疗影像压缩结果。本发明对医疗影像进行针对性的删除、去噪、压缩，得到更优质的医疗影像，并进行有效存储，大大节约了计算资源和存储资源。