本申请公开了金属表面涂层微加工装置及方法，装置包括：上模板，顶部用于与压力机连接，底部设置有上微加工模具，上微加工模具的底部表面嵌有加工微球；下模板，顶部设置有下微加工模具，下微加工模具的顶部表面也嵌有加工微球，下微加工模具位于上微加工模具的正下方；导料带，可移动设置在下模板上，导料带上设置有放置孔，放置孔用于放置金属工件。本申请在添加Si元素的基础上，再对涂层表面进行微加工处理。在工件进行热浸镀后，利用模具表面微球对涂层表面进行压缩微加工，使涂层合金层晶粒细化，涂层厚度降低，减少镀层中缩松、缩孔等缺陷，并使各相间接触面更平滑。