本发明属于水下智能测绘技术领域，提供了一种在超深动水区的河床底摊铺作业方法及系统，通过分水岭算法将水下三维地形图分割成多个子地形图；对水下三维地形图进行静应力有限元分析获得各个子地形图承受的平均应力值；从起始端点的位置开始按照与起始端点的距离和深度逐个强度支撑点依次构建水流向通道；按照与起始端点从远到近的距离在各个待作业位置在河床底进行摊铺作业。保障了摊铺结构的摊铺区域的施工结构稳定性，使后续摊铺作业施工的结构更加稳固，减少因水下河床的地质的局部应力集中导致的施工区域结构强度降低问题。