本发明涉及加密技术领域，具体公开了一种监控视频加密系统、方法及存储介质，其中系统包括服务器、若干监控终端和若干用户终端；用户终端用于向服务器发送视频查看请求，以及发送CPU占用率信息；服务器根据接收的视频查看请求标记同组用户终端；判断同组用户终端中，最高的CPU占用率是否超过第一阈值，如果超过，向视频源对应监控终端发送第一加密信息，如果未超过，向视频源对应监控终端发送第二加密信息；监控终端用于在接收第一加密信息时，选择第一加密方式对视频初始文件中的视频帧进行加密；接收第二加密信息时，选择第二加密方式对视频初始文件中的视频帧进行加密。采用本发明的技术方案能够在保证用户体验的情况下，平衡解密速度与安全性。