本发明属于轨道交通评估技术领域，本发明公开了轨道交通综合联调评估系统及方法，包括对采集到的轨道列车的实时状态信息进行风险采样，得到轨道列车的预设评估指标；调用预先训练好的轨道列车运行评分网络模型对预设评估指标对应的轨道列车依次进行轨道列车运行评分，根据所述轨道列车运行评分进行层次排列，获得轨道列车运行评分对应的轨道交通运行评价权重，将轨道列车运行评分和对应的轨道交通运行评价权重进行加权平均计算得出轨道交通综合联调的评分；对同一时刻的不同轨道交通线路上的所有轨道交通综合联调的评分进行加权平均计算得到轨道交通综合联调的最终评分。