本发明涉及一种无代谢标记的豆蔻酰化修饰多肽的富集方法，包括目标蛋白质的酶切、肽段自由氨基的全封闭、豆蔻酰化修饰基团的水解，含有可富集标签试剂标记豆蔻酰化修饰位点处的自由氨基、标记肽段的富集。采用本发明提供的方法对豆蔻酰化修饰多肽进行富集后可进行后续的分析。本发明提供的方法无需对样品进行豆蔻酸盐类似物的生物代谢标记，即可实现样品中蛋白质豆蔻酰化修饰的富集，解决目前因无法对动物组织及临床样品进行生物代谢而无法对其进行蛋白质豆蔻酰修饰高通量分析的技术难题。