本发明公开了一种基于数字孪生的智能工厂MES系统，包括有物理车间，所述物理车间是现场客观存在的实体集合；所述物理车间连接有孪生车间和管理系统，用于完成管理系统下达的生产加工任务，且用于按照孪生车间虚拟仿真优化之后进行生产活动；所述物理车间连接有孪生数据，用于对实时的数据采集和监管，所述孪生数据连接有看板系统，用于车间信息的展示，本发明涉及企业管理系统技术领域。本发明，解决传统制造执行系统缺少自主决策和仿真优化机制，既不能以模型为载体形成工业大数据，又不能有效支撑生产过程仿真分析，生产决策还主要由人来做的问题。