本发明涉及一种北斗三号PPP服务实时卫星钟差评价方法及系统，涉及卫星高精度定位技术领域，包括选定每个历元对应的实时卫星钟差改正数组合中第一个卫星作为参考星，通过不固定参考星的双差算法得到全时段的双差卫星钟差时间序列。对相同卫星前后相邻两个历元的双差卫星钟差作差得到后一个历元的三差卫星钟差，统计后一个历元的所有卫星的三差卫星钟差的平均值，在该平均值超出预设阈值时，将后一个历元的双差卫星钟差与该平均值作差，以得到消除跳变后的双差卫星钟差时间序列，并计算得到评价指标。本申请能够解决北斗三号PPP服务实时卫星钟差改正数不连续、双差计算时参考星切换频繁导致的评价数据利用率低、评价指标失真的问题。