本发明提供了一种基于有机半导体的阻抗流式细胞仪，属于阻抗流式细胞仪技术领域；解决了现有阻抗流式细胞仪检测精度低、集成度低和微型化难的问题；包括微流控系统、锁相放大器和PC端，微流控系统包括集成在PCB板上的微流体器件、第一信号产生电路、第二信号产生电路、数据读出电路，微流体器件包括微流体通道、两个有机电化学晶体管，微流体通道的样品入口处设置有聚焦区域电极，第一信号产生电路、第二信号产生电路分别连接至聚焦区域电极的上下两端；锁相放大器产生交流信号通过第一信号产生电路、第二信号产生电路传输至聚焦区域电极上，数据读出电路通过读出两个有机电化学晶体管的漏极电流实现细胞阻抗测量；本发明应用于阻抗流式细胞仪。