本发明提供了一种三元超分子包合物、其制备方法及应用。所述三元超分子包合物包括环糊精和包合在所述环糊精内的硫辛酸苦参碱复合物。本发明中通过硫辛酸的羧基与苦参碱的氨基相互作用，首先形成硫辛酸‑苦参碱复合物，有效改善硫辛酸的水溶性和稳定性，防止硫辛酸被氧化，产生臭味。然后，通过采用内部具有疏水空腔的环糊精进一步包被硫辛酸‑苦参碱复合物，可以进一步提高硫辛酸‑苦参碱复合物在偏酸或偏碱环境下的稳定性，有效防止硫辛酸溶出。经研究，制备得到的环糊精‑硫辛酸‑苦参碱三元超分子包合物在不同温度下放置30天仍具有良好的稳定性，且在pH为偏酸或偏碱的条件下不会出现硫辛酸的溶出现象，方便实际应用。