本发明公开了一种业务流数据同步处理方法和系统、电子设备和存储介质，该方法包括在固定水域内设置数据同步节点，固定水域内的第一水面对象上传业务流数据至数据同步节点，所述业务流数据包括第一AIS系统数据及临接船舶数据，数据同步节点基于船舶标志信息在船舶状态列表中进行匹配，基于匹配结果更新船舶数据项；响应于接收到周期同步信号，多个数据同步节点向调度控制中心上传同步数据，完成船舶业务流数据同步。通过采用新的船联网数据实时填补AIS系统数据缺项，稳定地实现船舶业务流数据同步。