本发明公开了一种用于碱性微生物检验的微生物分离方法，属于微生物分离技术领域，本发明提供了一种用于碱性微生物检验的微生物分离方法，为了解决分离出的碱性微生物的多样性极为有限的问题，本发明提出通过制备普鲁兰多糖微球的方式，实现了对微生物的稳定包埋，使代谢产物和信号分子可以互相交换，增加了微生物的可培养性；同时，层析柱的设置，模拟了自然环境，使微生物处于一个开放的、连续补充营养的系统中；此外，改良Horikoshi培养基中加入了青海茶卡湖碱皮浸提物，碱分组成更接近样品采集地的自然环境。