本发明属于柑橘属果实性状研究技术领域，具体涉及一种柑橘属果实的果基长度的测定方法、评价方法及其应用。本发明所述柑橘属果实的果基长度的测定方法，包括如下步骤：测定柑橘属果实的果基长度测量值和果皮厚度测量值；根据所述果基长度测量值和果皮厚度测量值，以及预定的果实长度＝果基长度测量值/果皮厚度测量值的关系式，得到柑橘属果实的果基长度。本发明将果基长度测量值和果皮厚度测量值的比值量化为柑橘属果实的果基长度，可以更正确客观地反应和评价包括柚果实在内的柑橘属果实的果基长度表型性状，对突破柑橘属果实果基长度的科学研究的瓶颈具有重要价值。