本发明公开了一种多功能电力电子变压系统及控制方法，该系统包括变流器，所述变流器包括控制系统、电力电子变压器和逆变单元，所述电力电子变压器的输入端通过馈线开关接入供电系统的中压交流母线，通过电力电子变压器转换为低压直流，后经电力电子变压器输出端的直流配电单元实现低压直流输出，通过逆变单元后经过输出端的交流配电单元实现交流输出，所述交流配电单元与一个以上的交流负载相连。该控制方法基于上述系统来实施。本发明具有结构简单紧凑、成本低廉、适用范围广、能够提升系统运行维护效率等优点。