本发明公开了一种长链饱和脂肪酸分子内碳同位素组成分析的方法，属于同位素组成分析方法技术领域。本发明通过化学合成的方法来缩短长链饱和脂肪酸，再结合GC/IRMS和同位素质量平衡公式来计算出长链饱和脂肪酸分子内特定位点碳稳定同位素，可以获得长链饱和脂肪酸分子内特定位点δ13C稳定同位素值，可以用来精准识别有机质来源和重建历史时期生态环境的演化过程，在长链饱和脂肪酸分子内稳定碳同位素测定上，本发明开发的GC/IRMS技术相较于现有的13C‑NMR技术其优势在于样品用量小、纯度高、以及可以实现所有位置稳定碳同位素分析。