本发明提出了一种隐私保护的传染病密切接触者筛选方法及系统，包括如下步骤：用Dec表示的解密算法，在可信第三方的帮助下，管理部门通过函数解密密钥解密得到集合交集的结果，该结果反映用户与传染病感染者是否同时出现在相同的物理位置。用户物理位置集合的交集可以作为用户是否与传染病感染者有过密切接触的一个重要判断依据，具有很高的实用性。多个移动网络运营商将用户物理位置集合加密后，发送给存储方，存储方无法从密文中恢复出用户物理位置这一隐私信息，做到了用户物理位置隐私保护。