本发明提供了一种发酵胶原蛋白的制备方法，包括：S1)将胶原蛋白、碳源与水混合，灭菌，得到发酵培养基；S2)将植物乳杆菌种子液、鼠李糖乳杆菌种子液、嗜酸乳杆菌种子液、乳双歧杆菌种子液与保加利亚乳杆菌种子液接种至发酵培养基中进行发酵，得到发酵液；S3)将所述发酵液经灭菌与过滤后，得到发酵胶原蛋白。与现有技术相比，本发明提供的制备方法利用多种益生菌协同发酵技术发酵胶原蛋白，降低分子量，有效化解胶原蛋白腥味物质的目的，从而使得到的发酵胶原蛋白氨基酸含量高，尤其具有较高含量的丝氨酸和苏氨酸等羟基类氨基酸，不仅利于人体吸收，提高吸收效率和生物利用度，还可提高产品的保湿效果。