本发明涉及一种牡蛎壳固定化益生菌生物填料的制备方法包括以下步骤：S1、对牡蛎壳优化处理，制成改性牡蛎壳粉；S2、对步骤S1中制备的改性牡蛎壳粉固定化微生物的能力进行测试并制备填料原料；S3、通过改性牡蛎壳粉完成生物填料的制备。本发明的优点是：与生产中用的PE填料相比，经400℃和600℃高温处理后的牡蛎壳固定化益生菌生物填料在生物滤器中运行18d后，其表面微生物的群落多样性增加，并且所固定的微生物在生物膜中的相对丰度提高。表明经400℃和600℃高温处理的牡蛎适宜用于微生物的固定化材料，牡蛎壳固定化益生菌生物填料可以提高所固定微生物在属水平的相对丰度，对养殖水体具有高效的净化作用，可以应用于改善养殖水体环境。