本发明公开了检测SARS‑CoV‑2的组合物及其试剂盒和应用。本申请的第一方面提供一种检测SARS‑CoV‑2的组合物，该组合物包括：二维纳米片；核酸外切酶Ⅲ；第一探针，用于靶向SARS‑CoV‑2Omicron变体的N基因靶序列，第二探针，用于靶向SARS‑CoV‑2Omicron变体的S基因靶序列。选取的第一探针和第二探针分别靶向SARS‑CoV‑2Omicron变体在N基因和S基因的特异性缺失位点，双靶标的检测方式满足实际的检测需求，同时，选择的两段靶序列在同步检测时不会发生相互干扰而影响检测结果的问题，使得最终检测结果具有良好的特异性和灵敏度，检测限在5pM左右。