本发明公开了一种正余弦编码器的光强控制方法、存储介质及正余弦编码器，所述方法包括：获取当前生成的正余弦信号；其中，正余弦信号包括正弦信号和余弦信号；根据正弦信号和余弦信号，利用对数运算放大器和加法器，确定正弦信号平方的对数值和余弦信号平方的对数值；基于正弦信号平方的对数值和余弦信号平方的对数值，解算正弦信号和余弦信号的平方和，得到实际幅值；获取特征幅值；其中，特征幅值用于表征期望输出的正余弦信号的幅值；根据实际幅值和所述特征幅值，生成光强控制信号；其中，光强控制信号用于调整正余弦编码器中发光器的发光强度。通过本发明，有效地实现编码器光强的实时闭环控制，使得编码器能够持续输出高质量的编码信号。