本发明公开了一种挖掘近源物种间染色体结构变异的分析方法及系统，涉及生物信息技术领域，考虑了插入缺失、重复片段、倒位、易位多种情况，同时每种情况又考虑了多种可能性，通过设置全面精细的分析步骤和参数，开发出更适合近源物种之间的染色体结构变异的全面分析方法，比对长度在参考序列和查询序列均需大于500bp，结构变异片段长度需要超过1000bp即可认为是近源物种间的大的染色体结构变异，填补了近源物种间染色体结构变异分析的空白，便于抓取更大结构变异、获取更有用的信息去探究近源物种之间的差异及重要经济性状形成原因，有助于我们更好的理解基因功能、表达机理、形态特征差异及物种进化。