一种基于脉动流主动控制的有机朗肯循环系统的优化方法，采集待优化有机朗肯循环系统试验数据用于构建有机朗肯循环系统仿真模型，通过在待优化有机朗肯循环系统的热源状态稳定时进行试验以筛选适用于该有机朗肯循环系统的脉动波形；采用调整后的有机朗肯循环系统仿真模型计算多热源工况下筛选后的脉动波形的性能，当筛选后的脉动波形为最佳波形时通过调整热源工况并采用粒子群多目标优化算法迭代更新得到最佳脉动流参数，用于建立循环性能‑经济性多目标优化模型数据集。本发明能够充分发挥工质循环泵的作用外，利用高精度有机朗肯循环系统模型联合多目标优化算法设计系统主控制器，进一步扩大脉动流的优势，减小工质循环泵额外耗功损耗，提升系统经济性，显著提升有机朗肯循环系统的净输出功率。