本发明公开了一种超导量子约瑟夫森结的制备方法及相关装置，应用于量子芯片技术领域，包括在衬底表面的预设区域刻蚀出预设深度的凹槽；在凹槽内填充第一超导层；在第一超导层表面设置绝缘层，使第一超导层与绝缘层之间的接触面为平整表面，且绝缘层的上表面与衬底的表面平齐；在衬底表面设置覆盖绝缘层的第二超导层。通过先在衬底表面设置凹槽，再在凹槽内填充第一超导层，此时第一层超导层为下沉式设计，因此对于SIS的约瑟夫森结而言，第二层超导层与第一层超导层的交叠面为一个平面，而非环形曲面；同时由于该优势，对于第一超导层与第二层超导层的厚度则没有关系限制，即消除第一第二层超导层厚度关系的限制，便于超导电路大规模制备。