本发明属于地基沉降数据识别技术领域，公开了基于轻质水泥土桩复合地基的计算方法、系统及应用。所述方法包括：建立传统水泥土桩复合地基与轻质水泥土桩复合地基的计算模型；根据复合地基的沉降变形差异，模拟软件模拟出修正后的复合地基加固区沉降量；对比路堤荷载下轻质水泥土桩与传统水泥土桩的应力分布和沉降差异，分析轻质桩施工后的卸荷效应、桩身轻质化后在土中悬浮效应对桩身承载能力的提升以及自重应力减小对复合地基沉降的影响，计算出轻质水泥土桩复合地基下卧层沉降量。本发明提出了新的轻质水泥土桩复合地基下卧层沉降计算方法，计算结果显示轻质水泥土桩复合地基下卧层的沉降量减小了约53％。