本发明公开一种正余弦信号的相位差校正方法、正余弦编码器及存储介质。本发明可以采集正余弦编码器当前时刻生成的正余弦信号，然后通过获取校正参数集，可以确定当前时刻对应的角度的目标幅值补偿参数。校正参数集可以包含正余弦编码器旋转一周对应的各个角度处用于进行相位差校正的幅值补偿参数，校正参数集是预先测试得到的。从而根据校正参数集可以将相位误差转换为幅值误差，进一步的，可以利用目标幅值补偿参数对正余弦信号进行相位差校正。本发明利用根据校正参数集确定的目标幅值补偿参数对正余弦信号进行相位差校正，能够将正余弦信号的相位差校正转换为正余弦信号的幅值调整，自动实现正余弦编码器产生的正余弦信号的相位差校正。