本发明公开了一种燃料电池系统的氢气吹扫时间标定方法，包括：将燃料电池系统的运行状态分为启动过程、正常运行过程和关机过程；在不同的n个环境温度下，使燃料电池系统启动，进行启动过程中的氢气吹扫时间标定，得到与n个环境温度对应的启动过程中的n个氢气吹扫时间；使燃料电池系统正常运行，进行正常运行过程中的氢气吹扫时间标定，得到正常运行过程中与m个电堆输出电流对应的m个氢气吹扫时间；在不同的n个环境温度下，使燃料电池系统关机，进行关机过程中的氢气吹扫时间标定，得到与n个环境温度对应的关机过程中的n个氢气吹扫时间。其能得到最优的氢气吹扫时间，有利于氢气吹扫控制。