一种集成电路版图孤岛和微孔的自动消除的方法的系统，包括：集成电路版图中的定义为孔的部分和覆铜的部分转换为版图多边形并进行布尔操作，形成统一的版图多边形；基于网格识别所述统一的版图多边形中的孤岛和/或微孔的边界，且基于所述边界和网格生成用于覆盖所述孤岛和/或微孔的覆盖多边形；重新读入所述集成电路版图，连同所述的生成的覆盖多边形，生成新的集成电路版图，以消除初始集成电路版图包含的孤岛和/或微孔；通过对集成电路版图中的微孔和/或孤岛进行自动消除处理，避免微孔和孤岛出现在集成电路版图中影响版图的可靠性和在工艺生产中对产生的孤岛和微孔进行检测发现缺陷，降低集成电路制备成本，提升了生产效率。