本申请提供了基于默克尔树结构的身份认证的方法和系统，包括：第一认证客户端向认证服务器端发送由所述第一认证客户端的私钥K1加密的第一认证请求；所述认证服务器端根据所述第一认证请求对所述第一认证客户端进行第一身份认证，并在所述第一身份认证通过的情况下，向所述第二认证客户端发送经过公钥加密的接入请求；所述第二认证客户端根据所述接入请求向所述认证服务器端发送经过所述第二认证客户端的私钥K2加密的第二认证请求；所述认证服务器端根据所述第二认证请求对所述第二认证客户端进行第二身份认证，并在所述第二身份认证通过的情况下，分别向所述第一认证客户端和第二认证客户端发送认证成功信息。